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聚丙烯酰胺有毒性一说充满了争议，作为一种重要的水处理化学品，其在工业废水、城市污水甚至饮用水处理中都有应用。如果其有毒，那处理后的水岂不是会造成二次污染吗？而最近看到一些资料称聚丙烯酰胺及其水解体是低毒的。大多数商品不刺激皮肤。但是，某些水解体，可能有残余的碱性，当反复，长期皎时会有刺激性。在装卸，使用时应尽量避免与皮肤直接接触。
许多聚丙烯酰胺商品已被美国环境保护局、或食品、药品管理局批准，可用于饮用水处理、糖汁澄清和水果、蔬菜洗涤等。但是，应用的最大剂量是有限制的。丙烯酰胺在聚合物中的残余量应小于0.05%。
阳离子聚丙烯酰胺会杀死鱼类，这不是通常所说的毒性所致死，而是由于它同鱼类分泌的阴离子性粘液发生反应，反应物粘附在锶表面引起鱼失去吸收氧的能力。每种丙烯酰胺共聚物的毒性应单独考虑。
丙烯酰胺单体是有毒物质，尤其对哺乳动物的神经有损害。对丙烯酰胺毒性最敏感的猫，其无害日摄取量为0.3毫克/公斤。而一般人的无害日摄取量为0.5微克/公斤。
目前，一些国家对饮用水处理的高分子絮凝剂作了一些规定。其中要求残留单体含量低于0.05%。
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